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In der Sitzung der Generalversammlung des Komitates Baranya vom Oktober 1842 haben die Abgeordneten die Ingebrauchnahme des Warmwassers in Harkány angesprochen: in der Geschichte des Bades kann dieses Jahr als die erste richtige Badesasion betrachtet werden. Die Inanspruchnahme des Heilwassers wurde damals bereits an ärztlichen Vorschlag gebunden.
Graf Antal Batthyány hat 1828 ein Kurhotel erbaut – das ist heute das Geflügel A des heutigen Krankenhaus. 1844 wurde das moderne und repräsentative Badehaus erbaut, das lange Zeit ein Schmuck von Harkány war.
Am 15. Oktober 1955 wurde der direkte Rechtsvorgänger des Krankenhauses, das Krankenhaus des Rates des Komitates Baranya mit 120 Betten eröffnet. Vom Anfang der 70-er Jahre an, mit Aufschwung des Gesundheitstourismus wurde die Behandlung der ausländischen stationären Patienten begonnen. Seit den 1980-er Jahren wurden jährlich 4100-4200 rheumatologische Patienten, dann Patienten, die der Rehabilitation ihrer Bewegungsorgane bedurften, die an chronischen gynäkologischen Entzündungen bzw. an Psoriasis litten, auf 280 Betten behandelt.
Das Heilbad-Krankenhaus wurde 1991 zum Akademischen Lehrkrankenhaus der Medizinischen Universität Pécs.
Am 15. Oktober 2005 hat das Krankenhaus den Namen von Zsigmondy Vilmos im feierlichen Rahmen aufgenommen, der der Pionier der geothermischen Forschungen in Ungarn war. Sein Name haben vor allem seine erfolgreichen Artesibrunnenbohrungen berühmt gemacht.
Das Heilwasser von Harkány ist im Kreis der Patienten mit Krankheiten des Bewegungsapparates, sowie der an Psoriasis, bzw. chronischen gynäkologischen Entzündungen Leidenden ein Begriff.